肺功能室及其物品应定期清洁消毒。由于肺功能室检查时要求通过呼吸测试管道与病人呼吸道连接，故病人的呼出气体，甚至用力呼吸时的唾沬等可污染呼吸管道及室内其它物品，易于导致交叉感染的发生。因此管道及室内环境的清洁消毒非常必要。虽然目前尚无由于肺功能检查而导致明确交叉感染的报道，但其潜在危险不容忽视。部分文献报道雾化吸入装置及肺功能检查中的CO2吸收装置有大肠杆菌及分枝结核菌生长。
目前国外已广泛使用一次性呼吸过滤器将病者口腔（或呼吸道）与肺功能仪测试管道相隔，呼出气体首先经过过滤器，因此可阻隔病者呼出的细菌，避免交叉感染的发生。由于经济上的原因，国内尚未普及应用，国内目前多用一次性或重复使用的接口器连接病人口腔与呼吸道。
鼻夹的消毒易于被忽略，不应遗忘。工作人员测试中带上一次性手套，有助于减少接触传染。
对于呼吸管道的清洁消毒，目前可用如下方法。
1.气体消毒法： 环氧乙烷等气体可用于消毒大部分肺功能检查用的塑料物品。消毒前这些物品应先用清水冲洗，晾干，注意排除管道气泡，再用胶袋封好消毒。由于过氧乙烷气体对人体有毒，应小心使用。气体消毒法效果较好，但费时费钱。
2. 化学消毒法：可用含氯化学药剂消毒、如用1%强力消毒净浸泡30分钟。同样，浸泡前应先用清水冲洗干净管道，管道中的气泡必须排除，由于残余的化学药品有毒，浸泡后必须冲洗干净。
