Zymo发布开源生物信息学管道

加利福尼亚州尔湾2021年5月12日 /美通社/ --Zymo Research向环境微生物学界发布了VirSieve™生物信息学管道源代码，以促进全球协作并支持对废水中新冠病毒变体的检测。VirSieve™是一个自动计算管道，可分析废水样本中新冠病毒的测序读数，以更好地了解被监测社区中存在的病毒变异。通过对观察到的病毒突变的置信区间进行评级，该软件具有显著提高病毒遗传物质中任何变化分析准确性的潜力。

Zymo Research releases the VirSieve™ Open-Source Bioinformatics Pipeline source code to the environmental microbiology community to promote global collaboration and support for the detection of SARS-CoV-2 variants in wastewater。

疾病预防控制中心表示，尽管疫苗的部署对遏制美国境内新冠疫情产生了巨大的积极影响，但新的病毒株仍在出现。其中一些菌株（例如B.1.1.7）由于更大的传播速度、致病性或疫苗逃逸的证据，被归类为“受关注变种”。废水下一代测序正在成为近实时社区监测的最可行解决方案。

由于病毒RNA的断裂和降解，对废水进行的病毒测序难度很大，这通常会导致测序错误，最终显示为假突变。VirSieve™可以识别这些假变种，并将其标记为低或无置信度，使研究人员能够以更高的支持程度过滤突变。Zymo Research还提供DNA/RNA Shield™，一种在任何病毒灭活后可保护病毒RNA不会进一步降解的试剂，可安全地在环境温度下收集和运输废水样本。

“Zymo Research以前开发过Zymo Research Transmit Program这样的公共软件工具，这是一个通过CalREDIE公共卫生报告系统提交新冠病毒检测结果的开源客户端，”Zymo Research的实验室信息系统总监兼VirSieve™管道项目的项目负责人Michael Weinstein表示，“VirSieve™是Zymo Research为全球疫情应对工作提供最大支持的不懈努力的一部分。我们认为VirSieve™不仅有可能用于跟踪废水中的新冠病毒变异株，而且也能跟踪其他病毒，用于未来的公共卫生工作。”

“从临床样本或污水中获取准确的变种是确定病毒株在所有其他病毒变种中的位置并为病原体跟踪工作提供信息的关键，”Zymo Research的付费发言人、WorldQuant定量预测研究所联合主任兼威尔康奈尔医学院的生理学和生物物理教授Christopher Mason博士说。