许多妇女尤其是未婚妇女错误地认为，药物流产就像正常月经来潮一样，不会伤身体，不需要休息。实际上，药物流产与负压吸宫流产一样，都是人为干预妊娠的生理过程，在一定程度上会损害妇女的健康。
一、感染
妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2-3周，甚至1-2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
二、不完全流产
有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2-3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血、并紧急手术刮宫止血等。
三、影响以后的正常妊娠
未婚妇女如反复妊娠、反复流产，可造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，也有些妇女由于多次人工流产而出现习惯性流产。
四、月经失调
抗孕药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。
药物流产只能有具有一定规模的医疗保健机构中使用，抗孕药物必须在医生的监护和指导下服用，切忌擅自在家中服药，如遇阻道流血不止，应及时去医院检查。
