用药禁忌主要有以下几个方面：
1．配伍禁忌： 前面“配伍”一节中曾原则地提到，在复方配伍中，有些药物应避免合用。《神农本草经》称这些药物之间的关系为“相恶”和“相反”。据《蜀本草》统计，《本经》所载药物中，相恶的有六十种，而相反的则有十八种。历代关于配伍禁忌的认识和发展，在古籍中说法并不一致。金元时期概括为“十九畏”和“十八反”，并编成歌诀，现将歌诀内容列举于下。
（1）十九畏：
硫黄畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏石脂，人参畏五灵脂。
（2）十八反：
甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头反贝母、瓜萎、半夏、白蔹、白及；藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、细辛、芍药。
此后的《本草纲目》及《药鉴》等书所记，略有出入，但不如十八反、十九畏歌那样普遍认可和传播习诵。
《神农本草经·序例》指出“勿用相恶、相反者”，“若有毒宜制，可用相畏、相杀者尔，勿合用也”。自宋代以后，将“相畏”关系也列为配伍禁忌，与“相恶”混淆不清。因此，“十九畏”的概念，与“配伍”一节中所谈的“七情”之一的“相畏”，涵义并不相同。
“十九畏”和“十八反”诸药，有一部分同实际应用有些出入，历代医家也有所论及，引古方为据，证明某些药物仍然可以合用。如感应丸中的巴豆与牵牛同用；甘遂半夏汤以甘草同甘遂并列；散肿溃坚汤、海藻玉壶汤等均合用甘草和海藻；十香返魂丹是将丁香、郁金同用；大活络丹乌头与犀角同用等等。
