配伍制剂以后，药物相互之间到底起了什么变化？这种变化对疗效的发挥又有什么影响？这都是关于中药配伍机制的根本性问题。对于这个问题，国内外都曾加以探索，只是目前尚未臻明朗的境界。下面分三方面来谈。
1.数种药物在配伍共剂的过程中，很可能会产生“质”的变化--主要指化学变化而言。
由于中医传统的剂型以汤为主，水为化学变化的最主要基质，而煎药时的温
度又足以提高反应的可能和速度。至于药物在炮制或制剂过程中加入了某些有机溶媒（如酒、醋等），更使这个可能显得具有现实意义。上文曾提及酒、醋等对于药物有效成分溶出的意义，但由于植物所含有机成分比较复杂，目前尚难具体说明其变化。但在矿物药方面，则较易从无机化学的定性、定量而确定其变化的结果。例如：红升丹系水银（汞）、火硝（硝酸钾）与白矶合炼，经升华反应而制成的粗制氧化汞，有的含量可达98%以上。
2.数种药物在配伍共剂的过程中，不产生“质”的变化（指化学变化）--仅单纯表现为物理性的溶解掺和，因而所表现的共同疗效主要为各个药在有效价的量上的积累。
在一般情况下，方剂配伍可能较多表现为这种形式。例如：大黄攻下实热，芒硝软坚润燥，配合则主治阳明腑实、燥结而坚，故大承气汤、调胃承气汤、大陷胸汤及丸、大黄牡丹皮汤、黄龙汤等均合用之。如单从泻下作用而言，大黄则可分解出大黄素（蔥酣类），为刺激性泻药，可以导致肠蠕动亢进；芒硝即硫酸钠，为容积性泻药，可以在肠腔形成高渗透压，吸出肠壁的水分。故知大黄与芒硝，一为有机物一为无机物，在共剂中虽不产生化学变化，但其药理作用（部位与方式）不同，因而互取所长，组合甚妙，不禁使我们由衷赞叹古人经验的可贵。
3.既肯定每个药各自的性能，又承认药物之间有相互影响的可能，这是中医学术的传统观点。
徐灵胎对这个观点有精辟的发挥，见于所著《医学源流论》等书中。他认为，“方之与药，似合而实离也……故方之既成，能使药各全其性，亦能使药各失其性，操纵之法有大权焉，此方之妙也”。所谓各全与各失其性，他又补充说：“一药有一药之性能功效，药之功用不止一端，在此方则取此长，在彼方则取彼长”。此方、彼方盖指不同的配伍；此长、彼长则表示经配伍后可能产生的性质上的变化，不单是量的增减也。
关于中药复方配伍机制的研究，是个艰巨的科学实践过程，必须付出巨大的劳动。然而，世界是可知的，坚持下去终可臻于晓畅的一天。从现有资料来看，即使在含有复杂有机成分的植物药方面，也有了一些苗头。例如，中国科学院药物研究所傅丰永等报道，他们在复方天麻钩藤饮的化学研究中发现，牛膝的皂甘与桑寄生的酚性物质部分（包括鞣质和黄酮昔），在复方中有化学变化产生，故在煎剂中无皂昔的溶血现象，亦改变了鞣与酚遇到三氯化铁时的呈色反应。但其变化后的产物究属何物，尚待进一步研究。此外，他们又发现牛膝、桑寄生、杜仲炭三药的混合制剂（不论是混合液或合煎液），均较各药单煎时含较明显的生物碱、黄酮昔、香豆精昔等反应。他们推想：这些药的降压作用可能与之有关。
